分子細胞神經科學組碩、博士班均需修讀「神經科學導論」、「神經科學研究方法」、「神經科學研究」及「專題討論」，以加強學生對於神經系統生理運作的認知，進而得以探討神經病變的病理機轉；「專題討論」課程亦安排學生研讀探討最近兩年內載於知名期刊之研究報告，藉此拓展其學術研究思考的層面，並有助於學生確實掌握尖端研究的趨勢；博士班之「專題討論」係以英語授課，藉此奠定其國際學術研究交流之能力。

本所目前規劃之課程涵蓋基礎與臨床神經科學，除了上述必修課程，所內老師亦依其學業專長及研究領域開課，加深學生在神經科學各項領域的專業知識，榮總醫師兼任老師所開立的課程，亦有助於學生將基礎及臨床神經科學研究完善整合。