陽明交通大學神研所的認知神經科學組為臺灣第一個以認知神經科學為研究主軸的教學研究單位。認知神經科學組目前碩、博士班的必修課程為「認知神經科學總論」、「神經生物學導論」、「數理統計」及「認知神經科學方法：理論與實作」，碩博士班還必須參加「認知神經科學專題討論」。而在方法學上，包括有「腦功能研究法」、「擴散性磁振造影」等供學生選修。

乙組課程設計中，以新進教師帶領「認知神經科學總論」研討各項主題的核心知識，而「認知神經科學專題討論」，則由資深教師帶領討論各項主題的歷史發展，並透過高密度的邀請國外訪員訪問，讓學生瞭解相關領域最新，還沒發表的發展。希望透過這樣的課程設計，讓學生有機會從研究主題的發展歷史，瞭解相關領域的進程。其它單位的教育理念中，可能只關心最新的發展，但我們相信只有讓學生同時接觸研究領域的最新發展，以及歷史演進，學生方能具備創新性的研究潛能，也方能瞭解研究的真切意義。